肚脐眼疼在医学上多称为脐周疼痛。肚脐附近的神经分布较广，腹腔内多个器官的病变都可能表现为脐周不适或疼痛，因此不能只把原因局限在肚脐本身。
消化系统原因是常见一类。急性胃肠炎、肠痉挛、消化不良、便秘、肠易激综合征等，都可能引起脐周阵发性疼痛，常伴有腹泻、恶心、腹胀或排便改变。阑尾炎早期也可先出现脐周痛，数小时后疼痛逐渐转移并固定于右下腹。儿童和青少年在呼吸道感染后，还可能出现肠系膜淋巴结炎，表现为脐周隐痛或阵痛。此外，小肠炎症、肠梗阻、克罗恩病等也会引起脐周疼痛。
肚脐局部问题也需考虑，如脐炎、脐疝嵌顿、脐尿管残留感染等，通常可见脐部红肿、渗液、包块或压痛。泌尿系统结石、妇科炎症、痛经等问题，有时也会放射至脐周。少数情况下，胰腺、胃十二指肠等上腹部器官疾病可表现为脐周牵涉痛。
如果疼痛轻微且短暂，可先观察，注意饮食清淡、规律排便。但若疼痛持续加重、转移至右下腹，或伴有发热、呕吐、腹胀、停止排气排便、便血、腹部包块、体重下降等，应尽快就医。医生会结合查体、血常规、腹部超声、CT或内镜等检查明确病因。治疗需针对原因进行，若需用药，应在医生指导下应用，不可自行滥用止痛药或抗生素，以免掩盖病情。
