小孩患百日咳后是否会落下病根，需结合病情严重程度、治疗及时性、个体免疫力及并发症情况综合判断，多数规范治疗者预后良好，少数可能遗留长期症状。
百日咳是否遗留后遗症与多种因素相关：其一，病情严重程度。轻症患者仅表现为短期咳嗽，经规范治疗通常不会遗留慢性问题；重症患者若出现呼吸暂停、肺炎、肺不张或脑病等并发症，可能增加远期风险。其二，治疗及时性。早期使用大环内酯类抗生素（如红霉素、阿奇霉素）可缩短病程并降低并发症概率，若延误治疗，细菌毒素可能持续损伤呼吸道黏膜，增加慢性咳嗽或反复呼吸道感染风险。其三，个体免疫力差异。早产儿、低体重儿或合并先天性心脏病、免疫缺陷等基础疾病者，恢复期更长，可能因反复感染导致气道重塑。其四，年龄因素。3月龄以下婴儿因气道狭窄、咳嗽反射弱，更易发生窒息或肺动脉高压，遗留肺功能损伤的概率较高。其五，并发症管理。若合并百日咳脑病，可能遗留癫痫、智力障碍等神经系统后遗症；长期剧烈咳嗽可能导致肋骨骨折、气胸或腹股沟疝等机械性损伤。
需强调的是，百日咳的预防重于治疗。家长应按计划接种含百日咳成分的疫苗（如百白破疫苗），降低感染风险；若孩子出现阵发性、痉挛性咳嗽伴鸡鸣样吸气吼声，需立即就医，通过血常规、咽拭子PCR检测或血清学检查明确病原，遵医嘱足疗程使用抗生素并配合止咳、雾化等对症支持治疗，避免自行停药或滥用药物。
