反流性食管炎的治疗没有对所有患者都“最有效”的单一药物，用药需结合症状、内镜表现、合并疾病及既往用药情况，由消化内科医生个体化制定。常用药物主要包括抑酸药、抗酸药、促动力药和黏膜保护剂等，均应在医生指导下应用。
质子泵抑制剂是临床常用的抑酸药物，如奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑、埃索美拉唑等，可减少胃酸分泌，帮助食管黏膜修复。对于反酸、烧心明显或内镜提示食管炎的患者，医生常会根据病情选择此类药物，并确定疗程和后续减量方案。
H2受体拮抗剂如法莫替丁等，也可用于抑制胃酸，部分轻症或夜间症状明显者可在医生评估后使用。抗酸剂和藻酸盐类药物如铝碳酸镁、海藻酸等，可中和胃酸或形成保护层，主要用于缓解餐后反流、烧心等不适，但通常不作为单一长期治疗。
促动力药如莫沙必利等，可改善胃肠动力，部分患者可在医生指导下作为辅助用药；黏膜保护剂也可用于辅助修复。需要提醒的是，药物选择、联合方案和疗程均应由医生决定，不建议自行购药长期服用，也不应随意增减药物。
除用药外，生活方式调整同样重要：超重者减重，避免睡前进食，晚餐不宜过饱，减少高脂、辛辣、咖啡、酒精等诱发食物，戒烟，夜间症状明显者可抬高床头。若出现吞咽困难、消瘦、黑便、贫血等表现，应及时就医进一步检查。
