引起甲状腺炎的病因有多种，其中自身免疫病毒感染、细菌感染、真菌感染、慢性硬化放射硬伤、肉芽肿、药物、创伤等多种原因均可引起甲状腺炎。葡萄球菌、链球菌、肺炎球菌等细菌感染可引起急性甲状腺炎。
甲状腺病毒感染如柯萨奇病毒、腮腺炎病毒、流感病毒，腺病毒感染被认为是亚急性甲状腺炎的发病原因。也可发生于非病毒感染，此外遗传易感性和环境的因素也与自身免疫性甲状腺炎的发病有关。
感冒会引起甲状腺炎吗？一般来说，普通感冒不会直接引起甲状腺炎，也不会直接攻击甲状腺。
但部分病毒感染可能成为亚急性甲状腺炎的诱因。它常在流感、腺病毒等感染后1到3周出现，本质是感染后的免疫反应，并非细菌感染。典型表现是颈前区疼痛、甲状腺肿大，疼痛可放射到耳部或下颌，吞咽、转头时加重，还可能伴发热、乏力、心慌、多汗。检查可见血沉、C反应蛋白升高，甲状腺功能可能先偏甲亢，再短暂偏甲减，之后多能恢复。
所以，感冒本身不是甲状腺炎的直接原因，却可能是诱因之一。若感冒后出现明显颈部肿痛、发热、心悸，不要只当感冒拖着，应尽早到内分泌科就诊，查甲状腺功能、甲状腺超声和炎症指标。亚急性甲状腺炎通常不需要抗生素，是否抗炎或对症处理要由医生判断，不要自行用药。多数人预后良好，但需随访甲状腺功能。
