鼻窦囊肿的治疗，包括保守疗法与手术治疗两大类型。首先鼻窦囊肿如果没有明显的头疼，鼻塞，发热等明显不适，建议可以先采用保守治疗，常选用抗炎药物进行消炎治疗，如青霉素以及头孢菌素类药物。
此外还可以采取盐酸羟甲唑啉喷鼻剂等外喷鼻腔，改善鼻腔鼻窦通畅引流，改善鼻道窦口复合体结构，从而减轻堵塞症状，以利于囊肿消退。如果伴有鼻窦内骨质受损以及发热等明显不适，可考虑进行鼻内窥镜下手术切除囊肿。
鼻窦囊肿的治疗通常分为保守治疗和手术治疗两大类。若患者未出现明显头痛、鼻塞或发热等症状，一般建议先采取保守治疗，临床常用青霉素类或头孢菌素类等抗炎药物进行消炎处理。
同时，也可配合使用盐酸羟甲唑啉喷鼻剂等药物喷入鼻腔，帮助改善鼻腔及鼻窦的通气与引流，减轻鼻道窦口复合体的阻塞，从而缓解不适症状，促进囊肿的消退。对于症状较轻、仅表现为鼻塞或鼻腔分泌物较多的情况，也可以使用小海鲸硅胶洗鼻器进行鼻腔冲洗，配合专用洗鼻剂与接近体温的纯净水调配成等渗盐水，轻压瓶身控制水流，有助于清除鼻腔分泌物、保持鼻窦引流通畅，对鼻部不适的辅助护理具有一定帮助。
但当囊肿伴有鼻窦内骨质破坏或出现明显发热等较重症状时，则需考虑通过鼻内窥镜手术进行囊肿切除。
