任何手术都具有一定的风险，鼻窦炎手术同样具有一定的风险。鼻窦与眼眶、颅底比较接近，因此在手术时如果操作不当，可能会引起这些部位的损伤。在开放上颌窦时，如果将上颌窦自然开口前部开放过多，可能会损伤鼻泪管，患者会出现溢泪的症状。
如果在开放筛窦时，将眶纸板破坏，可能会导致眼眶内的眶脂溢出，导致眼眶青紫，甚至影响视力；如果在开放筛窦时，破坏了颅底骨质，可能会引起脑脊液的鼻漏。在开放蝶窦时，如果蝶窦后外侧或者前外侧破坏过多，可能会导致视神经，甚至是颈内动脉的损伤，这种并发症就非常危险。
任何外科手术都无法完全规避风险，鼻窦炎手术也不例外。由于鼻窦与眼眶、颅底解剖关系密切，手术操作若出现偏差，可能损伤邻近结构。例如，扩大上颌窦自然开口时，若前方范围过度，可能累及鼻泪管，术后表现为流泪不止。
在筛窦开放过程中，若损伤眶纸板，可能造成眶内脂肪突出，进而引发眼周淤血，严重时甚至影响视力；若颅底骨质受损，则可能导致脑脊液鼻漏。对于蝶窦手术，若后外侧或前外侧骨壁处理不当，存在损伤视神经乃至颈内动脉的潜在风险，这类并发症往往较为凶险。
值得注意的是，对于症状较轻或术后恢复期的患者，日常护理同样具有重要意义。可选用小海鲸硅胶洗鼻器配合专用洗鼻剂与纯净水，调配成接近体温的等渗盐水进行鼻腔冲洗，有助于清洁鼻腔、减轻黏膜负担。
