它们的区别如下：致病因素，流感是由流感病毒侵犯导致的，冠状病毒肺炎是由冠状病毒所导致的；传染性，冠状病毒相对于流感病毒传染性更强，人群普遍易感，会通过呼吸道飞沫，密切接触，在密闭空间里高浓度气溶胶进行传播。
临床症状，流感病毒侵犯机体会导致全身肌肉酸痛，乏力的表现，冠状病毒侵犯机体会表现为发热，干咳，胸闷气喘，呼吸困难的症状。治疗上可服用奥司他韦胶囊抗流感病毒，冠状病毒目前还没有特效的药物。
流感病毒与冠状病毒是两类不同病原体，不能混为一谈。流感病毒属于正黏病毒科，基因组为单股负链RNA，分节段，甲型流感易发生抗原漂移和抗原转换。冠状病毒属于冠状病毒科，基因组为单股正链RNA，不分节段，包括引起普通感冒的多种冠状病毒及新型冠状病毒。
两者传播途径均以飞沫、接触和气溶胶为主，但流感潜伏期通常一至四天，起病急，高热、头痛、肌肉酸痛明显。冠状病毒感染潜伏期多为二至七天，症状从无症状、咽痛、咳嗽到肺炎不等，嗅觉味觉减退较有提示，但并非特有。
检测上，两者可通过核酸检测或抗原检测区分。治疗需由医生评估，抗病毒药物不同，不可自行替换。预防强调疫苗接种、戴口罩、勤洗手、常通风，流行季减少聚集。
流感病毒变异主要依靠抗原漂移和抗原转换，冠状病毒变异则通过点突变和重组等方式。出现发热、咳嗽、乏力时，应结合流行病学和病原检测判断，避免仅凭症状混淆。
