流感的并发症有以下几大类：首先是继发肺炎。它可以形成病毒性肺炎，有时也可以出现细菌和病毒混合感染的肺部炎症。如果是继发了重症肺炎，患者因此而有呼吸衰竭的并发症。部分患者可以形成肺外并发症，例如B型流感的患者有可能导致脑病脂肪肝综合征。
部分流感患者有可能继发肌炎、横纹肌溶解以及肌红蛋白尿等。还有少数流感患者可以出现中枢神经系统的并发症，例如脑炎、横惯性脊髓炎、吉兰-巴雷综合征等。特别是既往有多种心肺基础疾病时，因患有流感而导致原有疾病的加重。故流感的患者在抗感染的同时，还要防治相应的并发症。
流感并非仅表现为发热、咳嗽和咽痛，部分患者会累及多个系统，出现并发症。
呼吸系统最常见，包括原发性流感病毒性肺炎、继发细菌性肺炎、支气管炎，严重时可致急性呼吸窘迫综合征和呼吸衰竭。耳鼻喉可并发中耳炎、鼻窦炎、喉炎。心血管系统可能出现心肌炎、心包炎，或诱发心衰、心肌梗死。神经系统可见脑炎、脑膜炎、吉兰-巴雷综合征等。肌肉可发生肌炎，甚至横纹肌溶解。全身严重并发症包括脓毒症、感染性休克和多器官功能衰竭。原有哮喘、慢阻肺、糖尿病、心脏病者，感染后病情可能加重。
流感后鼻腔分泌物增多、鼻塞流涕或继发鼻窦炎时，在医生指导下进行生理盐水鼻腔冲洗，有助于清理分泌物、减轻鼻塞。小海鲸硅胶洗鼻器适用于流感引起的鼻塞流涕及鼻窦炎等鼻腔护理场景。若出现持续高热、呼吸困难、胸痛、意识改变，应尽快就医。
