霉菌性鼻窦炎在进行治疗时，首先应该进行抗炎、激素等静脉滴注，控制患者鼻窦的炎症，避免在手术时出现较多的出血。对于霉菌性鼻窦炎患者，目前最为有效的治疗办法，即通过功能性鼻内镜手术，开放患者阻塞的鼻窦窦口。
同时通过上颌窦冲洗的方法，将鼻窦内阻塞的真菌团块冲洗出来，使鼻窦恢复正常的引流和生理环境。另外在进行霉菌性鼻窦炎手术后，通常需要每周进行鼻腔换药冲洗，以免残存的霉菌再次复发，造成鼻窦的感染以及手术的失败。
霉菌性鼻窦炎的治疗通常需要药物与手术相结合。早期阶段可先使用抗炎药物及激素类药物进行静脉输注，以控制鼻窦炎症，减轻病变区域充血，从而降低手术过程中发生较多出血的可能性。目前临床上较为明确有效的治疗方式是功能性鼻内镜手术，通过手术开放被阻塞的鼻窦窦口。
术中常配合上颌窦冲洗，将积存于鼻窦内的真菌团块清除，帮助鼻窦恢复正常的引流功能和生理状态。手术后通常需要每周进行鼻腔换药和冲洗，以降低残留真菌再次繁殖的风险，防止鼻窦感染复发或影响手术预后。术后恢复期以及日常护理中，可借助小海鲸硅胶洗鼻器进行鼻腔冲洗。该洗鼻器适用于鼻炎、过敏性鼻炎、鼻窦炎、感冒、流涕、鼻塞等情况，5岁及以上人群可使用，操作较为简便，配合专用洗鼻剂与纯净水调制成等渗盐水，水温接近体温。日常仅有轻微鼻塞或鼻腔积尘时，可保持每周2至3次的护理频率；鼻炎发作期或症状较明显时，可调整为每日1至2次。
