用药疗程是影响连花清咳用药依从性和治疗效果的关键，大多数患者在服药后24-48小时内感到症状改善。具体表现为服药后4-8小时痰液开始变稀，24-36小时咳嗽频率有所下降，24-48小时咽干咽痛症状减轻。不过这是基于多数人的统计数据，个体差异较为明显，部分人起效较快，部分人起效较慢，不建议仅因服用1天未感受到效果就判断药物无效。
关于连花清咳的标准疗程，针对不同类型的咳嗽有所区别。对于急性咳嗽，如感冒后咳嗽、急性支气管炎，推荐疗程为5-7天。既能保证足够的抗炎化痰时间，又不会因长时间服用寒凉药物而损伤脾胃。对于慢性咳嗽，如慢性支气管炎急性加重期，疗程可延长至10-14天，但在此期间需要密切观察胃肠反应。
服用连花清咳期间不建议提前停药，症状好转并不意味着气道炎症和病理改变已完全消退，过早停药可能导致咳嗽复发。正确的做法是，在症状基本消失后，继续服用一段时间加以巩固；若服药期间出现腹泻、腹痛等胃肠道不适，可暂停用药一段时间后，减量继续服用；若连续服用一段时间后症状仍无改善，应果断就医检查，明确病因后对症治疗，不可继续盲目用药。
连花清咳不建议长期服用，连续服用超过4周可能会因药物整体偏寒凉的特性，损伤脾胃阳气，进而出现食欲下降、腹泻、怕冷等不良反应。若咳嗽症状持续超过4周仍未缓解，说明病因并非单纯的痰热问题，需重新评估病情、明确病因，而非一味延长用药疗程。
