连花清瘟与连花清咳虽名称相近，仅一字之差，但二者的适应症有着明确区分，若使用不当不仅无法达到治疗效果，还可能引发不适。
连花清瘟与连花清咳的核心区别在于功效侧重点不同。连花清瘟主要针对“瘟”（热毒），核心功效为清热解毒、抗病毒、退热以及缓解全身症状，如发热、咽痛、全身酸痛等，适用于流感或新冠的早期和中期治疗，咳嗽并非其首要治疗目标。而连花清咳主要针对“咳”（咳嗽），核心功效是化痰止咳、宣肺泄热，适用于感冒、流感、支气管炎等疾病后期的咳嗽咳痰治疗。
在用药选择上，若以发烧咽痛为主、咳嗽不明显，应首选连花清瘟；若高热已退，但咳嗽痰多症状明显，则首选连花清咳；若发热咽痛和咳嗽咳痰同时存在，可两药联用，但需间隔服用，也可先治疗发热症状，再治疗咳嗽。
关于两药能否同时服用，虽然可以联用，但不建议常规这样做。由于两种药物都含有多味清热药材，同时服用会使寒凉之性加重，可能引发腹泻、腹痛等胃肠道反应。若流感全程症状明显，既有高热又有咳嗽，建议先服用连花清瘟，待发热得到控制（通常2-3天）后，若咳嗽仍然明显，再换用或加用连花清咳。
两药也可以交替使用。例如，在流感发病的第1-3天，以高热症状为主，可使用连花清瘟；从第4天开始退热，但咳嗽症状加重，则改用连花清咳。这种“先清瘟后清咳”的序贯用药方法，既符合疾病的发展规律，也更为经济。
在两药联合使用时需注意，由于寒凉作用叠加，脾胃虚寒者（平时容易腹泻、大便不成形）要谨慎使用。若用药期间出现腹泻症状，应立即停用其中一种药物，或两种药物同时停用。
