现在在婴儿牛奶蛋白过敏的治疗，有有效的治疗的方法，是停止牛奶制品的同时，使用水解配方奶粉，其中水解配方奶粉分为三级。
第一，就是部分水解配方，用于预防过敏或者是用于深度水解配方治疗以后换成普通配方之前的过渡。
第二，就是深度水解配方奶粉，主要适用于常规牛奶蛋白过敏的治疗，氨基酸配方奶粉主要是用于牛奶蛋白过敏的诊断和急性过敏反应，是酸性食道炎等特殊类型的过敏，深度水解和氨基酸配方奶粉是治疗牛奶过敏的药物，如果使用氨基酸配方奶粉期间仍然出现过敏的现象，这说明孩子在牛奶蛋白过敏的同时还存在其他过敏的情况，一般牛奶蛋白过敏的婴儿，首先选用深度水解配方奶粉或者是氨基酸配方奶粉至少连续使用三到六个月，如果在这个期间没有再次过敏的情况，就可以尝试在原有配方奶粉内加入少量的部分水解配方奶粉，根据耐受的情况逐渐增加部分水解配方的比例，直到全部使用部分水解配方奶粉，一直在坚持部分水解配方奶粉，使用六个月然后才能够逐渐过渡到正常配方。
在整个过程中应该在医生的指导下进行，由于特殊配方奶粉的味道和普通奶粉差异比较大，所以在转换特殊配方时应该循序渐进，每次将一定特殊配方奶粉加到普通的配方奶粉内，逐渐增加到特殊配方奶粉的比例，在两周以内换成全部特殊的配方奶粉就可以，在这个期间一定不能用牛奶以及其他奶制品的干扰，比如含牛奶的蛋糕、面包、酸奶、牛初乳等等，否则在长时间的水解配方奶粉也达不到治疗的目的。
