它的主要病因是因为黑质多巴胺能神经元变性死亡。但是，为何引起黑痣多巴胺能神经元变性死亡的病因呢，目前尚未了解，可能应与下列的因素有关：
一、遗传因素。
二十世纪九十年代后期，发现在意大利、希腊和德国的个别家族中，发现帕金森病患者中存在α-突触核蛋白基因突变，呈常染色体显性遗传。10%的患者有家族史，但是，绝大部分患者未发现。
二、与环境因素有关系。
二十世纪八十年代发现一种嗜神经毒1-甲苯4-苯基1,2,3,6-四氢吡啶，在人和灵长类动物中均可以诱发典型的帕金森综合症。帕金森病患者黑质中存在复合物失活性和还原谷胱甘肽含量明显降低，以及过度氧化应激的是抗氧化功能障碍，及过度氧化，应激可能于帕金森病的发病和病情进展有关。
三、神经系统的老化。帕金森病主要发生于中老年人，四十岁以前发病相对少见，随着的神经系统老化与发病有明显的关系。
四、多种因素交互作用。
目前认为，帕金森病并非单因素所导致的，而是多因素交互作用下，初期因基因突变，导致少数患者发病外。基因易改性可以可使患病几率增加，但并不一定发病，只有在环境因素、神经系统老化等因素的共同作用下。
通过氧化应激、蛋白酶体功能障碍，炎症免疫反应等等的因素，可易导致黑质多巴胺能神经元大量变性、丢失，才会导致帕金森病的发生。
