慢性胃炎的病理组织学改变，通常采用慢性炎症活动性萎缩、肠化和hb5各指标分析。又分别以无、轻度、中度、重度或零、一个加号、两个加号、三个加号、四个加号来说明程度。慢性炎症以浆细胞、淋巴细胞为主的炎性细胞浸润为特征。偶有嗜酸性细胞。而当在慢性炎症背景上，出现中性粒细胞浸润，则是在活动性炎症的表现。萎缩具体是指胃的固有腺体减少。
根据具体的腺体，幽门腺萎缩是指幽门腺减少，或由肠化腺体替代胃底或胃体。胃体腺萎缩则是指胃底或胃体腺假幽门腺化生。肠上皮化生或者是腺体本身减少。是否有萎缩是区分非萎缩性和萎缩性胃炎的依据。假幽门腺化生是指在胃底黏膜内，出现幽门腺结构是胃底腺萎缩的标志。需要根据活检部位才能做出判断，可见于慢性胃炎病人或生理功能退化的老年人。
肠上皮化生简称肠化，是指胃黏膜内出现了肠形上皮，可分为四型。
一型为小肠型完全肠化，占肠化的多数。
二型为小肠型不完全肠化。
三型为大肠型完全肠化。
四型为大肠型不完全肠化，异型增生又称为不典型增生，是腺管及表面上皮在增生中，偏离正常分化所产生的形态和功能异常。可发生在胃小凹上皮和肠化处。它本身上不是癌，但可能恶变或长期保持原状甚至自然的在某些药物作用下退变恢复。重度异型增生可能需要做胃镜下治疗或者是手术治疗。
